През учебната 2025/ 2026 г. ОУ "Митрополит Авксентий Велешки" работи по следните Национално програми:

• 1. НП „Ученически олимпиади и състезания“
• 2. НП „Осигуряване на съвременна, сигурна и достъпна образователна среда“
• 3. НП „Информационни и комуникационни технологии (ИКТ) в системата на предучилищното и училищното образование“
• 4. НП „Квалификация на педагогическите специалисти“
• 5. НП „Оптимизиране на вътрешната структура на персонала“
• 6. НП „Без свободен час“
• 7. НП „Заедно в изкуствата и в спорта“
• 8. НП "Занимания по интереси"